Dopo nove anni di studi, Bergamo da sola non basta a perfezionare il mestiere di compositore. I corsi di composizione più approfonditi erano a Bologna, alla scuola di Padre Stanislao Mattei.
Mayr stentò non poco a convincere Andrea Donizetti a lasciar partire il figlio, sobbarcandosi le spese del soggiorno bolognese, che la famiglia non poteva sostenere. E si adoperò per ottenere un finanziamento dalla Regia Congregazione di Carità , aggiungendo del suo e del denaro di una colletta tra gli amici e i conoscenti.
Alcuni animi benefici si sono compiaciuti di offrire delle generose sovvenzioni pel mantenimento di due anni di codesto giovane. Ma non essendo queste sufficienti del tutto ardisco di supplicare l’Illustrissima Congregazione, che per atto di vera carità , diretta al più lodevole fine, degnasi di concorrere anch’essa con quella sovvenzione che Le detterà la sua nota generosità all’effetto contemplato.
Il giorno 27 ottobre 1815 scrisse all’editore Giulio Ricordi una lettera di presentazione, nella quale esaltava doti e carattere dell’allievo, pregandolo di procurargli una carrozza per proseguire il viaggio:
Questa mia Le sarà presentata da Gaetano Donizetti, allievo della nostra piccola Scuola di Musica si porta a Bologna, onde ivi, sotto la direzione del valente Padre Mattei, studiare il contrappunto. Ardisco di raccomandarglielo, pregandola di trovargli, e consigliargli una vettura per questo viaggio ma col maggiore risparmio.
Gaetano, giunto a Bologna, prese alloggio nella casa di via Viario Pepoli, presso la famiglia Marchesi. Tommaso Marchesi era musicista e insegnante al Liceo Musicale della città .
L’ormai diciottenne Donizetti cominciò a studiare armonia con Padre Stanislao Mattei, l’allievo preferito di Padre Martini e grande teorico e didatta (alla sua scuola era passato Rossini). Si applicò al clavicembalo con Giuseppe Pilotti. Dei primi due anni di studio resta traccia nei suoi quaderni di contrappunto, con una sessantina d’esercizi ordinati per difficoltà , scoperti e studiati da Guido Zavadini, che è uno dei principali biografi donizettiani:
Studio del contrappunto fatto da Gaetano Donizetti di Bergamo sotto la direzione del celebre Signor Maestro D. Stanislao Mattei. In Bologna l’anni 1815, e 1816 addì 22 novembre 1815 si cominciò
Il volume è conservato nel Museo donizettiano di Bergamo (I. 2a. D/1). Weinstock attribuisce a Donizetti le variazioni del 1815 per forte piano, sul tema del celebre duetto dell’opera La rosa bianca e la rosa rossa di J.S. Mayr.